会社設立の後、法人住民税をどこに申告して納めるか。二か所に出す仕組み

法人住民税は、都道府県と市区町村の二つでできている

法人住民税は、都道府県民税と市町村民税の二つでできています。総務省が地方税制度の資料で説明しています。2026年8月23日に確認しました。

それぞれ別の自治体の税金なので、申告も納付も別々です。都道府県税事務所と市区町村役場、二か所に出します。

ただし、東京23区は例外です。特別区の分も都税として東京都が扱うので、都税事務所への申告だけで済みます。

会社設立の費用の相場を調べているときには、この仕組みは出てきません。設立時に払うものではないからです。

この図でわかるのは、会社設立の後の手続きは思ったより多いということです。

そして、それぞれに期限があります。忘れると加算税や延滞税がかかります。

会社設立の費用の相場は、株式会社で16万円台から、合同会社で6万円台から。均等割は年7万円で、1年から3年でこれを追い抜きます。

その7万円を、どうやって納めるのか。以下、順に見ていきます。

会社設立の費用を払う場面では、公証役場と法務局に行きました。設立後の費用を払う場面では、行き先が変わります。税務署、都道府県税事務所、市区町村。

会社設立の費用の相場を調べているときは、払う先が二つでした。設立後は三つか四つになります。金額も、回数も増えます。

出典地方税制度｜法人住民税 （総務省／2026年8月23日確認）

会社設立の直後：設立の届出を二か所に出す

会社設立をしたら、税務署に法人設立届出書を出します。設立の日以後2か月以内。国税庁がタックスアンサーで示しています。2026年8月23日に確認しました。

それとは別に、都道府県税事務所と市区町村にも同じような届出を出します。名称は自治体によって違いますが、法人設立届出書や法人設立・設置届出書といった名前です。

期限も自治体によって違います。設立から15日以内、1か月以内、2か月以内など、まちまちです。本店の所在地の自治体で確認してください。

添付書類は、定款の写しと登記事項証明書が求められることが多い。会社設立の費用の相場には出てきませんが、証明書代が数百円かかります。

• 税務署法人設立届出書。設立の日以後2か月以内
• 都道府県税事務所名称と期限は自治体によります
• 市区町村同上。東京23区は不要です
• 添付書類定款の写し、登記事項証明書など

この届出を出さないと、自治体が会社の存在を把握できません。

把握できなくても、納税義務はなくなりません。あとで見つかったときに、まとめて請求されます。延滞税もつきます。

会社設立の費用を数万円抑えるために時間をかけた方が、この届出を忘れて延滞税を払う。もったいない話です。

届出そのものは無料です。用紙は自治体のサイトからダウンロードできます。郵送でも出せます。

会社設立の直後は忙しいので後回しにしがちですが、まとめて片づけてしまうほうが早い。税務署に行くついでに、都道府県税事務所にも寄れます。

この五つを片づければ、会社設立の後の届出はひととおり終わります。費用はかかりませんが、期限があります。

出典No.5100 新設法人の届出書類 （国税庁／2026年8月23日確認）

決算の後：申告書を二か所に出す

最初の決算を迎えたら、法人住民税の申告書を出します。法人税の申告書とは別の書類です。

期限は、原則として決算日から2か月以内。法人税と同じタイミングです。

出し先は、都道府県税事務所と市区町村。東京23区なら都税事務所だけです。東京都主税局が法人事業税・法人都民税の案内を出しています。2026年8月23日に確認しました。

赤字でも出します。均等割は赤字でもかかるので、申告して納めることになります。

※ 2026年8月23日時点の一般的な内容です。自治体によって異なる場合があります。

定款に定めがあれば、申告期限を延長する特例もあります。国税庁が申請の案内を出しています。2026年8月23日に確認しました。地方税にも同様の延長の仕組みがあります。

ただし、延長できるのは申告の期限で、納付の期限ではありません。納付が遅れれば延滞税がかかります。

会社設立の初年度は、この作業が初めてになります。書き方がわからなければ、自治体の窓口で聞けます。無料で教えてくれます。

会社設立の費用の相場を調べる時間があるなら、この申告書の書き方を調べる時間も取っておいてください。

税理士に頼めば、この作業も含まれます。決算料10万円から20万円ほどの中に入っているのが普通です。

会社設立の費用の相場と、この決算料はよく似た金額です。株式会社の設立実費が16万円台、決算料が10万円から20万円。ただし、設立の費用は一度きりで、決算の費用は毎年です。

会社設立の費用を数万円下げることに使った時間と同じだけの時間を、決算をどうするかの検討に使う価値があります。金額の大きさが同じで、回数が違うからです。

出典法人事業税・法人都民税|仕事と税金|東京都主税局 （東京都主税局／2026年8月23日確認）

納付の方法：窓口、口座振替、そして電子納税

法人住民税の納付は、いくつか方法があります。窓口、金融機関、そして電子納税です。

電子で申告と納税をするなら、地方税ポータルシステムを使います。地方税共同機構が運営しています。2026年8月23日に確認しました。

ここから、都道府県と市区町村の両方にまとめて申告と納付ができます。二か所に別々に行く必要がなくなります。

会社設立の直後に登録しておくと、あとが楽です。利用は無料です。

• 電子申告・電子納税地方税ポータルシステム。まとめて出せます
• 金融機関の窓口納付書を持って行きます
• 口座振替自治体によって対応が異なります
• クレジットカード自治体によって対応が異なります

ここで一つ、抑えることで手放すものにも触れておきます。電子申告にすれば、移動の時間と交通費が要りません。

そのかわり、最初の登録に手間がかかります。電子証明書の準備、利用者情報の登録。会社設立の直後にやっておくのが一番よいタイミングです。

それから、紙の申告書の事前送付を取りやめる自治体が増えています。東京都は電子申告未利用法人への紙の確定申告書の事前送付を取りやめる旨を案内しています。2026年8月23日に確認しました。

つまり、待っていても用紙が届かなくなるということです。自分で取りに行くか、電子で出すか。

会社設立の費用の相場を調べるのと同じで、制度の流れを知っておかないと、あとで慌てます。

電子申告は、法人税の電子申告とは別のシステムです。国税と地方税で分かれています。両方に登録が必要です。

会社設立の費用の相場には、この登録の費用は含まれていません。登録自体は無料だからです。ただ、電子証明書を用意するなら費用がかかることがあります。

法人の電子証明書は、法務局で取得できます。証明期間によって手数料が変わります。会社設立の費用の相場を調べるときには出てきませんが、電子申告を使うなら関係してきます。

出典eLTAX 地方税ポータルシステム （地方税共同機構／2026年8月23日確認）

中間申告が必要になる場合がある

会社設立の2期目以降、中間申告が必要になることがあります。

法人税に中間申告の義務があれば、法人住民税にも中間申告が必要になるのが一般的です。前期の税額をもとに判定されます。

前期の法人税額が一定額を超えていれば、事業年度の途中で前期の半分ほどを前払いすることになります。

会社設立の初年度は、前期がないので中間申告はありません。2期目からの話です。

赤字なら法人税額がゼロなので、中間申告も不要です。黒字が続く会社の話になります。

ただし、均等割の中間分はかかることがあります。自治体によって扱いが異なるので確認してください。

中間申告をすると、その分だけ資金繰りが前倒しになります。年に1回だった支払いが2回になります。

会社設立の直後に考える話ではありませんが、事業が軌道に乗ったときに出てきます。

会社設立の費用の相場を調べる段階では遠い話ですが、黒字になったら中間申告があると覚えておいてください。

そして、中間申告を忘れると、これも延滞税の対象です。期限の管理が必要になります。

会社設立の費用の相場を調べている段階では、黒字になったあとのことまで考えないものです。ただ、事業がうまくいけば必ず来ます。

うまくいったときに何が増えるのかを知っておくと、資金繰りの見通しが立てやすくなります。中間申告は、その代表例です。会社設立の費用と違って、金額が事業に連動します。

出典No.5759 法人税の税率 （国税庁／2026年8月23日確認）

納付が遅れたときにかかる金額

納付が遅れると、延滞金がかかります。国税の延滞税と同じような仕組みです。

国税の延滞税の割合は、国税庁がタックスアンサーで公表しています。2026年8月23日に確認しました。

令和8年1月1日から令和8年12月31日までの期間は、納期限の翌日から2か月までが年2.8％、2か月を経過した日以後は年9.1％。地方税の延滞金も、これに準じた割合になっています。

※ 国税庁タックスアンサー No.9205（2026年8月23日確認）。地方税の延滞金の割合は自治体にご確認ください。

均等割7万円で1年遅れると、延滞金は数千円。大きな額ではありませんが、払わなくてよいお金です。

それより怖いのは、申告そのものを忘れることです。2期連続で期限内に申告しないと、青色申告の承認が取り消されることがあります。

赤字を繰り越せなくなると、事業が動き出したときに困ります。会社設立の費用の相場を数万円下げるより、この一点のほうが金額として大きい。

それから、自治体からの通知を待っていても来ないことがあります。申告納税なので、自分で計算して自分で納めるのが原則です。

会社設立の直後は、この感覚がつかめません。個人事業のときは、住民税の納付書が届いていたからです。法人は違います。

期限をカレンダーに入れておいてください。決算日から2か月以内。それだけです。

出典No.9205 延滞税について （国税庁／2026年8月23日確認）

自分でやるか、税理士に頼むか

法人住民税の申告を自分でやるか、税理士に頼むか。書類そのものは難しくありません。

均等割だけなら、資本金等の額と従業者数を見て区分表から金額を書くだけです。計算らしい計算はありません。

難しいのは、法人税の申告書ができていないと書けないという点です。法人税額をもとに法人税割を計算するからです。

つまり、法人税の申告ができれば、法人住民税の申告もできます。逆に、法人税でつまずけばここもできません。

自分でやる

0円。法人税の申告ができることが前提です

決算だけ依頼

10万円から20万円ほど。住民税も含まれます

顧問契約

年20万円から40万円ほど。相談もできます

期限の管理

税理士に頼めば任せられます

ここで一つ、抑えることで手放すものにも触れておきます。自分でやれば税理士の費用はかかりません。

そのかわり、期限の管理を自分ですることになります。決算から2か月以内、二か所に、忘れずに。

それに、判断すべき論点を見落とします。繰延資産の償却、役員報酬の設定、消費税の選択。均等割そのものより、こちらのほうが金額が大きい。

会社設立の費用の相場が株式会社で16万円台からであることを考えると、税理士の決算料はそれと同じくらいです。

取引が少なく、判断すべき論点も少ないうちは、自分でやるという選択も合理的です。

事業が大きくなったら頼む。その切り替えのタイミングを決めておくとよいでしょう。

出典会社設立の税理士費用はいくら？税理士法人に依頼するメリットと相場 （小谷野税理士法人／2026年8月23日確認）

まとめ：三か所に出す。赤字でも出す

法人住民税の申告と納付について、まとめます。

1. 会社設立の直後、税務署のほかに都道府県税事務所と市区町村にも届出を出します
2. 決算後、法人税の申告書とは別に法人住民税の申告書を出します
3. 期限は原則として決算日から2か月以内
4. 赤字でも申告して、均等割の年7万円を納めます
5. 電子申告を使えば、都道府県と市区町村にまとめて出せます

一番大事なのは、出し先が二か所あることです。税務署だけだと思っていると、あとで請求が届きます。

出し先

都道府県税事務所と市区町村。東京23区は都税事務所だけ

期限

原則として決算日から2か月以内

赤字のとき

均等割だけ払います。申告は必要です

電子申告

地方税ポータルシステム。利用は無料です

会社設立の費用の相場は、株式会社で16万円台から、合同会社で6万円台から。均等割は1年から3年でこれを追い抜きます。

そして、均等割より大きい費用がほかにあります。社会保険の会社負担は役員報酬のおよそ15％、税理士は年20万円から60万円。

会社設立の費用を数万円抑えることに時間をかけるより、そちらの設計に時間をかけたほうが、総額では効いてきます。

この記事の内容は2026年8月23日時点のものです。制度は自治体によって異なります。個別の判断は、必ず税理士と自治体にご確認ください。

出典地方税制度｜法人住民税 （総務省／2026年8月23日確認）